초고속 인터넷망이 깔리고 대기업이 전자적 형태로 세금계산서를 관리하는 시스템을 도입하면서 매출·매입자료 관리의 이점이 부각되고 있다. 이에 국세청은 지난 2011년부터 전자세금계산서 제도를 법인사업자에게 강제도입하고 전년도 과세매출 3억원 이상인 개인사업자까지 확대했다.

이후 세원양성화에 재미를 본 국세청은 계산서도 전자적 형태로 발급하는 전자계산서 제도를 2015년 하반기부터 모든 법인사업자와 전년도 과세매출 3억원 이상인 개인사업자에게 강제도입했다.

올해부터는 전년도 면세매출 등이 10억원 이상인 개인사업자도 전자계산서를 강제발급해야 한다. 따라서 법규화된 전자세금계산서나 전자계산서 제도에 따라 전자적 형태로 세금계산서 혹은 계산서를 발급하지 아니하면 가산세를 부과한다. 그리고 한시적으로는 전자계산서 발행 혜택을 주는데 발급 건당 200원의 전자계산서 발급세액공제(연간 100만원 한도)를 법인세 또는 사업소득세에서 공제한다.

그런데 이에 익숙치 않은 대부분의 소상공인은 전자세금계산서와 전자계산서의 정확한 개념부터 헷갈린다.

세금계산서란 부가가치세 일반과세자가 재화·용역의 공급시 교부하는 것으로 공급가액과 부가가치세가 별도로 기재된다. 청구금액은 공급가액과 부가가치세액의 합계이므로 거래상대방으로부터 부가가치세만큼 더 받고 부가가치세 신고시 이를 매출세액 명목으로 국세청에 납부한다. 그리고 매입자는 세금계산서를 가지고 부가가치세 신고시 매입세액을 공제받는다.

반면 계산서는 그 형태 및 기능적 측면에서 세금계산서와 유사하나 면세사업자가 교부하는 매출증빙으로 계산서에는 부가가치세액이 포함되거나 별도기재될 수 없다. 면세사업자의 매출액에 대한 과세자료로서 세금계산서와 함께 적격거래 판별의 대표적 증빙이다.

다만 면세사업자는 세금계산서를 발행할 수 없는 사업자임에도 불구하고 홈택스에서 매출증빙으로 전자세금계산서 발행이 되고 그 자료도 취합되고 있다. 세금계산서와 계산서를 구분하지 못하는 면세사업자가 홈택스에 들어가서 전자로 발급한 것이 계산서가 아니라 세금계산서일 수 있다. 

그런데 이 증빙에는 부가가치세란이 있고 자칫 이것이 매입세액공제될 수 있는 것으로 착각할 수 있다. 원래는 면세공급가액 100만원(부가세 없음)으로 전자계산서를 발급할 것을 과세공급가액 90만9091원 부가가치세 9만909원으로 전자세금계산서를 발급해 버리는 오류가 생기고 이런 것이 모든 세무신고를 엉망으로 만들어 버릴 수 있다.

홈택스나 전자계산서 발행대행사업자가 이런 오류를 “귀하는 면세사업자이므로 세금계산서를 발행하시면 안됩니다”라고 작은 창으로 띄워주면 얼마나 편할까? 현재로써는 세무신고 당사자 스스로가 주의하는 수밖에 없다.